La présence de cette enzyme est indispensable à la minéralisation de l'os. Dans les cellules osseuses ayant pour but la fabrication du tissu osseux (ostéoblastes) ainsi que celles du cartilage (chondroblastes), il existe des vésicules de calcification contenant de la phosphatase alcaline.

Leur taux sanguin est plus élevé pendant la croissance et au cours de certaines maladies osseuses et hépatiques comme le rachitisme, l'ostéomalacie (affection caractérisée par un ramollissement général du squelette qui est dû soit à une carence en phosphore et en calcium, soit à une carence en vitamine D2), le cancer secondaire des os, la maladie de Paget, l'hyperparathyroïdie, l'hyperostose endostale, le cancer du foie, l'ictère par rétention (jaunisse en cas d'obstruction à l'élimination de la bile).
Le taux sanguin de phosphatases alcalines diminue (rarement) en cas d'hypophosphatasie, c'est-à-dire au cours d'une maladie héréditaire se traduisant par un rachitisme et des troubles dentaires.

L'hyperostose endostale est une maladie osseuse rare, héréditaire, dont la transmission se fait sur le mode autosomique récessif (il faut que les 2 parents soient porteurs du gène défaillant pour que l'enfant développe la maladie).

La Phosphatase alcaline est indispensable à la minéralisation
Dans les osthéablastes et chondroblastes des os à croissance rapide, existent des vésicules de calcification, c'est-à-dire de minuscules protubérances des membranes plasmiques, qui contiennent de la phosphatase alcaline ; elles se détachent de la cellule et vont dans la matrice osseuse.Dans la matrice, il y a dépôt de sels de Calcium ; les cristaux s'agglutinent de telle sorte qu'il n'y a pas de fracture quand l'os subit des contraintes."

Anatomie et Physiologie humaines (Marieb - De Boeck Université)